Рассматриваются теоретико-методологические и организационно-методические аспекты функционирования региональной системы здравоохранения. Представлен методический инструментарий реализации инновационного подхода к интегральной оценке деятельности субъектов региональной системы здравоохранения, впоследствии внедренный в Хабаровском крае.